Als u een werkend Debian GNU/Linux systeem wilt afsluiten, mag u het systeem niet herstarten met de reset-knop vooraan of achteraan op de computer of mag u hem niet gewoon uitzetten. Debian GNU/Linux moet op een gecontroleerde manier afgesloten worden, anders bestaat de kans dat er bestanden verloren gaan en/of dat de schijf beschadigd wordt. Indien u in een desktopomgeving werkt, is er in het toepassingsmenu gewoonlijk een optie beschikbaar om zich “af te melden”. Daarmee kunt u het systeem afsluiten (of opnieuw opstarten).

Anders kunt u gebruik maken van de toetsencombinatie Ctrl+Alt+Del . Als die toetsencombinatie niet werkt, is een laatste mogelijkheid om als systeembeheerder in te loggen en de vereiste commando's in te typen. Gebruik reboot om het systeem opnieuw te laten opstarten. Gebruik halt om het systeem te stoppen zonder het uit te zetten ^[14]. Om een systeem uit te zetten gebruikt u poweroff of shutdown -h now. Het systemd init-systeem biedt extra commando's die dezelfde rol vervullen, bijvoorbeeld systemctl reboot of systemctl poweroff.